Automated annotation of human centromeres with HORmon

Kunyavskaya, O., Dvorkina, T., Bzikadze, A. V., Alexandrov, I. A. & Pevzner, P. A., 1 июн 2022, в: Genome Research. 32, 6, стр. 1137-1151 15 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Chasing perfection: validation and polishing strategies for telomere-to-telomere genome assemblies

Mc Cartney, A. M., Shafin, K., Alonge, M., Bzikadze, A. V., Formenti, G., Fungtammasan, A., Howe, K., Jain, C., Koren, S., Logsdon, G. A., Miga, K. H., Mikheenko, A., Paten, B., Shumate, A., Soto, D. C., Sović, I., Wood, J. M. D., Zook, J. M., Phillippy, A. M. & Rhie, A., июн 2022, в: Nature Methods. 19, 6, стр. 687-695 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Generating lineage-resolved, complete metagenome-assembled genomes from complex microbial communities

Bickhart, D. M., Kolmogorov, M., Tseng, E., Portik, D. M., Коробейников, А. И., Толстоганов, И. Н., Uritskiy, G., Liachko, I., Sullivan, S. T., Shin, S. B., Zorea, A., Andreu, V. P., Panke-Buisse, K., Medema, M. H., Mizrahi, I., Певзнер, П. А. & Smith, T. P. L., мая 2022, в: Nature Biotechnology. 40, 5, стр. 711-719 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

IsoQuant: a tool for accurate novel isoform discovery with long reads

Prjibelski, A., Mikheenko, A., Joglekar, A., Smetanin, A., Jarroux, J., Lapidus, A. & Tilgner, H. U., 26 апр 2022, (Электронная публикация перед печатью) в: Nature Biotechnology.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges

Meyer, F., Fritz, A., Deng, Z. L., Koslicki, D., Lesker, T. R., Gurevich, A., Robertson, G., Alser, M., Antipov, D., Beghini, F., Bertrand, D., Brito, J. J., Brown, C. T., Buchmann, J., Buluç, A., Chen, B., Chikhi, R., Clausen, P. T. L. C., Cristian, A., Dabrowski, P. W. еще 83, Darling, A. E., Egan, R., Eskin, E., Georganas, E., Goltsman, E., Gray, M. A., Hansen, L. H., Hofmeyr, S., Huang, P., Irber, L., Jia, H., Jørgensen, T. S., Kieser, S. D., Klemetsen, T., Kola, A., Kolmogorov, M., Korobeynikov, A., Kwan, J., LaPierre, N., Lemaitre, C., Li, C., Limasset, A., Malcher-Miranda, F., Mangul, S., Marcelino, V. R., Marchet, C., Marijon, P., Meleshko, D., Mende, D. R., Milanese, A., Nagarajan, N., Nissen, J., Nurk, S., Oliker, L., Paoli, L., Peterlongo, P., Piro, V. C., Porter, J. S., Rasmussen, S., Rees, E. R., Reinert, K., Renard, B., Robertsen, E. M., Rosen, G. L., Ruscheweyh, H. J., Sarwal, V., Segata, N., Seiler, E., Shi, L., Sun, F., Sunagawa, S., Sørensen, S. J., Thomas, A., Tong, C., Trajkovski, M., Tremblay, J., Uritskiy, G., Vicedomini, R., Wang, Z., Wang, Z., Wang, Z., Warren, A., Willassen, N. P., Yelick, K., You, R., Zeller, G., Zhao, Z., Zhu, S., Zhu, J., Garrido-Oter, R., Gastmeier, P., Hacquard, S., Häußler, S., Khaledi, A., Maechler, F., Mesny, F., Radutoiu, S., Schulze-Lefert, P., Smit, N., Strowig, T., Bremges, A., Sczyrba, A. & McHardy, A. C., 8 апр 2022, в: Nature Methods. 19, 4, стр. 429-440 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Complete genomic and epigenetic maps of human centromeres

T2T consortium, 1 апр 2022, в: Science. 376, 6588, eabl4178.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Sequencing of individual barcoded cDNAs using Pacific Biosciences and Oxford Nanopore Technologies reveals platform-specific error patterns

Mikheenko, A., Prjibelski, A. D., Joglekar, A. & Tilgner, H. U., 1 апр 2022, в: Genome Research. 32, 4, стр. 726-737 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Hi-C Metagenomics in the ICU: Exploring Clinically Relevant Features of Gut Microbiome in Chronically Critically Ill Patients

Ivanova, V., Chernevskaya, E., Vasiluev, P., Ivanov, A., Tolstoganov, I., Шафранская, Д. Д., Ulyantsev, V., Korobeynikov, A., Razin, S. V., Beloborodova, N., Ulianov, S. V. & Tyakht, A., 3 фев 2022, в: Frontiers in Microbiology. 12, 17 стр., 770323.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery

Edgar, R. C., Taylor, J., Lin, V., Altman, T., Barbera, P., Meleshko, D., Lohr, D., Novakovsky, G., Buchfink, B., Al-Shayeb, B., Banfield, J. F., de la Peña, M., Korobeynikov, A., Chikhi, R. & Babaian, A., 3 фев 2022, в: Nature. 602, 7895, стр. 142-147 6 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование