Лаборатория"Центр биоинформатики и алгоритмической биотехнологии"

Виды деятельности

Действия за год 2016 2020

• 41 выступление с устной презентацией
• 3 выступление с приглашенным докладом/лекцией
• 1 прием приглашённого лица из образовательной или научной организации

Действия за год

Поиск результатов

• Nerpa: a tool for discovering biosynthetic gene clusters of nonribosomal peptides

  Алексей Александрович Гуревич (Основной докладчик), Азат Мухаммедович Тагирджанов (Докладчик), Ольга Александровна Кунявская (Докладчик) & Антон Иванович Коробейников (Докладчик)

  1 дек 2020

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Past and future of (meta)genome assembly evaluation methods

  Алексей Александрович Гуревич (Докладчик)

  13 мар 2020

  Деятельность: выступление › выступление с приглашенным докладом/лекцией

• VarQuest+: modification-tolerant database search of secondary metabolites mass spectra

  Алексей Александрович Гуревич (Основной докладчик) & Азат Мухаммедович Тагирджанов (Докладчик)

  28 июл 2020

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Чжао Лэй

  Алексей Александрович Гуревич (Принимающая сторона)

  5 сен 2019 → 14 сен 2019

  Деятельность: прием внешнего лица › прием приглашённого лица из образовательной или научной организации

• Transcriptome assembly with spISO-seq data

  Андрей Дмитриевич Пржибельский (Основной докладчик), Дмитрий Алексеевич Мелешко (Докладчик), Елена Алексеевна Бушманова (Докладчик) & Hagen Tilgner (Докладчик)

  28 июл 2019

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• PathRacer: racing profile HMM paths on assembly graph

  Александр Юрьевич Шлемов (Докладчик) & Антон Иванович Коробейников (Докладчик)

  4 мая 2019

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• NPS: scoring and evaluating the statistical significance of peptidic natural product–spectrum matches

  Алексей Александрович Гуревич (Основной докладчик), Александр Юрьевич Шлемов (Докладчик) & Азат Мухаммедович Тагирджанов (Докладчик)

  23 июл 2019

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• PathRacer: racing profile HMM paths on assembly graph

  Александр Юрьевич Шлемов (Основной докладчик) & Антон Иванович Коробейников (Докладчик)

  20 июн 2019

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• metaplasmidSPAdes: Plasmid Detection and Assembly in Genomic and Metagenomic Datasets

  Дмитрий Юрьевич Антипов (Основной докладчик), Михаил Петрович Райко (Докладчик), Алла Львовна Лапидус (Докладчик) & Павел Аркадьевич Певзнер (Докладчик)

  27 июл 2019 → 30 июл 2019

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• cloudSPAdes: Assembly of Synthetic Long Reads Using de Bruijn graphs

  Иван Николаевич Толстоганов (Основной докладчик), Антон Викторович Банкевич (Докладчик), Zhoutao Chen (Докладчик) & Павел Аркадьевич Певзнер (Докладчик)

  22 июл 2019

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Введение в сборку генома

  Андрей Дмитриевич Пржибельский (Приглашенный докладчик)

  1 авг 2019 → 2 авг 2019

  Деятельность: выступление › выступление с приглашенным докладом/лекцией

• Hybrid transcriptome assembly and its application to artichoke data

  Андрей Дмитриевич Пржибельский (Основной докладчик) & Елена Алексеевна Бушманова (Докладчик)

  20 июн 2019

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Hybrid RNA-Seq assembly and its application to transcriptome study of Cynara cardunculus

  Андрей Дмитриевич Пржибельский (Докладчик) & Елена Алексеевна Бушманова (Докладчик)

  21 июн 2019

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• SPAligner: alignment of long diverged molecular sequences to assembly graphs

  Дмитрий Юрьевич Антипов (Основной докладчик), Татьяна Евгеньевна Дворкина (Докладчик), Антон Иванович Коробейников (Докладчик) & Сергей Юрьевич Нурк (Докладчик)

  20 июн 2019

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• NPS: scoring and evaluating the statistical significance of peptidic natural product–spectrum matches

  Алексей Александрович Гуревич (Основной докладчик), Александр Юрьевич Шлемов (Докладчик) & Азат Мухаммедович Тагирджанов (Докладчик)

  22 июн 2019

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Hybrid transcriptome assembly and improving artichoke genome annotation

  Елена Алексеевна Бушманова (Докладчик), Андрей Дмитриевич Пржибельский (Докладчик), Giuseppe Puglia (Докладчик) & Domenico Vitale (Докладчик)

  16 июл 2018 → 19 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• GAligner: a tool for effective and accurate alignment of long reads onto assembly graph

  Татьяна Евгеньевна Дворкина (Докладчик), Дмитрий Юрьевич Антипов (Докладчик), Антон Иванович Коробейников (Докладчик) & Сергей Юрьевич Нурк (Докладчик)

  16 июл 2018 → 19 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Versatile genome assembly evaluation with QUAST-LG

  Алла Александровна Михеенко (Докладчик), Алексей Александрович Гуревич (Основной докладчик), Андрей Дмитриевич Пржибельский (Докладчик), Дмитрий Юрьевич Антипов (Докладчик) & Владислав Владимирович Савельев (Докладчик)

  9 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Гибридная сборка транскриптомов и улучшение генома артишока

  Елена Алексеевна Бушманова (Докладчик), Андрей Дмитриевич Пржибельский (Докладчик), Giuseppe Puglia (Докладчик) & Domenico Vitale (Докладчик)

  20 июл 2018 → 22 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Plasmid detection and assembly in genomic and metagenomic datasets

  Дмитрий Юрьевич Антипов (Основной докладчик)

  16 июл 2018 → 19 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Algorithms for nucleic sequence alignment

  Андрей Дмитриевич Пржибельский (Докладчик)

  18 сен 2018

  Деятельность: выступление › выступление с приглашенным докладом/лекцией

• Вычислительные методы для ускорения поиска новых антибиотиков

  Алексей Александрович Гуревич (Докладчик)

  21 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• cycloScore: Scoring and evaluating statistical significance of non-linear peptide-spectrum matches (poster)

  Алексей Александрович Гуревич (Докладчик), Азат Мухаммедович Тагирджанов (Основной докладчик) & Александр Юрьевич Шлемов (Докладчик)

  16 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Versatile genome assembly evaluation with QUAST-LG (poster)

  Алла Александровна Михеенко (Основной докладчик), Алексей Александрович Гуревич (Докладчик), Андрей Дмитриевич Пржибельский (Докладчик), Дмитрий Юрьевич Антипов (Докладчик) & Владислав Владимирович Савельев (Докладчик)

  9 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Метагеномная сборка из синтетических длинных ридов с помощью графа де Брюйна

  Иван Николаевич Толстоганов (Докладчик) & Антон Викторович Банкевич (Докладчик)

  21 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• BiosyntheticSPAdes: Reconstructing Biosynthetic Gene Clusters From Assembly Graphs

  Дмитрий Алексеевич Мелешко (Основной докладчик), Антон Иванович Коробейников (Докладчик) & Павел Аркадьевич Певзнер (Докладчик)

  16 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Versatile genome assembly evaluation with QUAST-LG

  Алексей Александрович Гуревич (Основной докладчик), Алла Александровна Михеенко (Докладчик), Андрей Дмитриевич Пржибельский (Докладчик), Дмитрий Юрьевич Антипов (Докладчик) & Владислав Владимирович Савельев (Докладчик)

  16 июл 2018 → 19 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• GAligner: инструмент для эффективного и точного выравнивания длинных ридов на граф сборки

  Татьяна Евгеньевна Дворкина (Докладчик), Дмитрий Юрьевич Антипов (Докладчик), Антон Иванович Коробейников (Докладчик) & Сергей Юрьевич Нурк (Докладчик)

  20 июл 2018 → 22 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• SPAdes Family of Tools for Genome Assembly and Analysis: Current Status

  Антон Иванович Коробейников (Основной докладчик), Дмитрий Юрьевич Антипов (Докладчик), Елена Алексеевна Бушманова (Докладчик), Алексей Александрович Гуревич (Докладчик), Алла Львовна Лапидус (Докладчик), Алла Александровна Михеенко (Докладчик), Дмитрий Алексеевич Мелешко (Докладчик), Сергей Юрьевич Нурк (Докладчик), Дмитрий Алексеевич Мелешко (Докладчик) & Павел Аркадьевич Певзнер (Докладчик)

  18 мая 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Методы анализа и визуализации сегментных дупликаций в геномах млекопитающих

  Алла Александровна Михеенко (Докладчик)

  21 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Plasmid Detection and Assembly in Genomic and Metagenomic Datasets

  Дмитрий Юрьевич Антипов (Основной докладчик), Михаил Петрович Райко (Докладчик), Алла Львовна Лапидус (Докладчик) & Павел Аркадьевич Певзнер (Докладчик)

  22 сен 2018 → 28 сен 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• cloudSPAdes: Metagenome Assembly from Synthetic Long Reads using de Bruijn graphs

  Иван Николаевич Толстоганов (Докладчик) & Антон Викторович Банкевич (Докладчик)

  16 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Long Reads Enable Accurate Estimates Of Complexity Of Metagenomes

  Антон Викторович Банкевич (Основной докладчик) & Павел Аркадьевич Певзнер (Докладчик)

  28 апр 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Assembling barcoded RNA sequencing data

  Андрей Дмитриевич Пржибельский (Докладчик)

  18 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Поиск и сборка плазмид из метагеномных данных

  Дмитрий Юрьевич Антипов (Основной докладчик), Алла Львовна Лапидус (Докладчик), Павел Аркадьевич Певзнер (Докладчик) & Михаил Петрович Райко (Докладчик)

  20 июл 2018 → 22 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Анализ состояния микрофлоры кишечника после лечения дисбиоза аутопробиотиками

  Юлия Дмитриевна Кондратенко (Докладчик), Антон Иванович Коробейников (Докладчик) & Алла Львовна Лапидус (Докладчик)

  20 июл 2018 → 22 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Graph-centric tools for genome analysis on top of SPAdes toolbox

  Антон Иванович Коробейников (Основной докладчик), Александр Юрьевич Шлемов (Докладчик) & Дмитрий Алексеевич Мелешко (Докладчик)

  24 мая 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• SGTK: a toolkit for visualization and assessment of scaffold graphs

  Ольга Александровна Кунявская (Докладчик) & Андрей Дмитриевич Пржибельский (Докладчик)

  16 июл 2018 → …

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Analysis and visualization of segmental duplications in mammalian genomes

  Алла Александровна Михеенко (Докладчик)

  17 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Analysis of microbiome state after treatment of dysbiosis with autoprobiotics

  Юлия Дмитриевна Кондратенко (Докладчик), Антон Иванович Коробейников (Докладчик) & Алла Львовна Лапидус (Докладчик)

  16 июл 2018 → 19 июл 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• SPAdes Family of Tools for Genome Assembly and Analysis: What's New?

  Антон Иванович Коробейников (Основной докладчик), Дмитрий Юрьевич Антипов (Докладчик), Елена Алексеевна Бушманова (Докладчик), Алексей Александрович Гуревич (Докладчик), Алла Львовна Лапидус (Докладчик), Алла Александровна Михеенко (Докладчик), Дмитрий Алексеевич Мелешко (Докладчик), Сергей Юрьевич Нурк (Докладчик), Андрей Дмитриевич Пржибельский (Докладчик) & Павел Аркадьевич Певзнер (Докладчик)

  15 фев 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Variable Identification and De Novo Sequencing of Cyclopeptides via Computational Processing of Tandem Mass Spectra

  Алексей Александрович Гуревич (Основной докладчик), Алла Александровна Михеенко (Докладчик), Антон Иванович Коробейников (Докладчик) & Александр Юрьевич Шлемов (Докладчик)

  29 ноя 2018

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Algorithmic challenges in de novo transcriptome and metatranscriptome assembly

  Елена Алексеевна Бушманова (Докладчик), Андрей Дмитриевич Пржибельский (Докладчик) & Дмитрий Юрьевич Антипов (Докладчик)

  1 авг 2017 → 3 авг 2017

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• Алгоримические задачи в de novo сборке транскриптомов и метатранскприптомов

  Елена Алексеевна Бушманова (Докладчик), Андрей Дмитриевич Пржибельский (Докладчик) & Дмитрий Юрьевич Антипов (Докладчик)

  12 июл 2017 → 16 июл 2017

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией

• De novo transcriptome assembly and its evaluation

  Елена Алексеевна Бушманова (Докладчик), Дмитрий Юрьевич Антипов (Докладчик) & Андрей Дмитриевич Пржибельский (Докладчик)

  18 июл 2016 → 19 июл 2016

  Деятельность: выступление › выступление с устной презентацией