На начальном этапе для представление сборки генома часто используются графы последовательностей. Инструменты для точного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей на такие графы могут быть полезны в различных областях, таких как гибридная сборка, исправление ошибок в ридах, поиске вариаций, идентификации частично собранных генов и разделении гаплотипов. В то же время существующие в настоящее время решения данной задачи имеют значительные ограничения. В данной работе мы представляем GAligner (GA) — инструмент для локального выравнивания последовательностей ДНК на граф сборки. В частности, GAligner может быть использован для того, чтобы выравнивать на граф сборки длинные последовательности с высоким процентом ошибок секвенирования. Новый алгоритм был протестирован на различных наборах данных, содержащих длинные риды PacBio и ONT, и показал высокий процент точных выравниваний на графах сборки различной сложности.