GAligner: инструмент для эффективного и точного выравнивания длинных ридов на граф сборки

Татьяна Евгеньевна Дворкина (Докладчик), Антипов, Д. Ю. (Докладчик), Коробейников, А. И. (Докладчик), Сергей Юрьевич Нурк (Докладчик)

Деятельность: выступлениевыступление с устной презентацией

Описание

На начальном этапе для представление сборки генома часто используются графы последовательностей. Инструменты для точного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей на такие графы могут быть полезны в различных областях, таких как гибридная сборка, исправление ошибок в ридах, поиске вариаций, идентификации частично собранных генов и разделении гаплотипов. В то же время существующие в настоящее время решения данной задачи имеют значительные ограничения. В данной работе мы представляем GAligner (GA) — инструмент для локального выравнивания последовательностей ДНК на граф сборки. В частности, GAligner может быть использован для того, чтобы выравнивать на граф сборки длинные последовательности с высоким процентом ошибок секвенирования. Новый алгоритм был протестирован на различных наборах данных, содержащих длинные риды PacBio и ONT, и показал высокий процент точных выравниваний на графах сборки различной сложности.
Период20 июл 2018 - 22 июл 2018
Тип мероприятияКонференция
МестонахождениеСанкт-Петербург, Российская Федерация
Степень признанияМестная