С появлением молекулярно-генетических данных по ДНК-меташтрихкодированию различных субстратов, метагеномам и метатранскриптомам от зараженных хозяев выявляется скрытое разнообразие паразитических одноклеточных: споровиков и других альвеолят. Новые данные не раскрывают внешнего вида и жизненных циклов паразитов, но относительно легко интерпретируются в терминах филогении и постепенно, по мере накопления данных, все более определенно позволяют связать филогенетические группы паразитов с таксонами хозяев, дополняя массив сведений из классической зоологии. Появляется возможность датировки событий эволюции паразита по их хозяевам с последующей оценкой скоростей молекулярной эволюции, что для одноклеточных в целом представляет еще бóльшую проблему, чем для многоклеточных.