Гибридная сборка транскриптомов и улучшение генома артишока

Бушманова, Е. А. (Докладчик), Пржибельский, А. Д. (Докладчик), Giuseppe Puglia (Докладчик), Domenico Vitale (Докладчик)

Деятельность: выступлениевыступление с устной презентацией

Описание

Возможность получения длинных транскриптомных прочтений, таких как прочтения
Oxford Nanopore, может значительно улучшить сборку транскриптомов и, следовательно, дополнить существующую базу генов плохо аннотированных геномов. Задача de novo сборки транскриптома из коротких прочтений усложняется неравномерным покрытием, вызванным высокой вариацией в уровнях экспрессии различных генов, альтернативным сплайсингом и наличием в геноме паралогичных генов. Длинные прочтения могут быть полезны в преодолении этих проблем и, тем самым, позволяют генерировать более полные изоформы. В этой работе описаны модификации алгоритмов rnaSPAdes, позволяющие гибридную сборку, а также приведена оценка качества полученных сборок с и без длинных прочтений. Результаты, достигнутые с помощью длинных прочтений приведены на примере
улучшения аннотации генома артишока.
Период20 июл 201822 июл 2018
Тип мероприятияконференция
МестонахождениеСанкт-Петербург, Российская Федерация