ПОИСК И АНАЛИЗ НОВЫХ АМИЛОИДОГЕННЫХ БЕЛКОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ДРОЖЖЕВОЙ ТЕСТ-СИСТЕМЫ

А.А. Зелинский, Н.В. Романова, Д.В. Качкин, А.В. Каява, А.А. Рубель, Ю.О. Чернов

Research outputpeer-review

1 Downloads (Pure)

Abstract

Самовоспроизводящиеся белковые агрегаты (амилоиды) связаны с более чем 40 различными заболеваниями человека. Некоторые амилоиды (так называемые прионы) инфекционны, то есть могут передаваться между клетками, или даже между организмами. Показано также существование функциональных амилоидов, играющих позитивную биологическую роль. В то же время, образование и распространение амилоидов человека трудно изучать in vivo из-за сложности человеческого организма. Поэтому на сегодня остаётся неизвестным, какая доля протеома человека способна к образованию амилоидов. Существует несколько биоинформатических алгоритмов для предсказания амилоидогенного потенциала белков, но ни для одного из них предсказания пока не были проверены системно на большой выборке. В данной работе, мы проверили предсказания, выполненные при помощи алгоритма ArchCandy [1], который оценивает вероятность образования белковыми последовательностями β-арок, ключевых структурных элементов большинства амилоидов. Для проверки предсказаний ArchCandy была использована тест-система, использующая химерные конструкции, в которых проверяемые белки (или домены) слиты с прионным доменом дрожжевого белка Sup35. Это позволяет фенотипически детектировать нуклеацию амилоида (приона), вызванную проверяемым белком, по снижению функции белка Sup35 в терминации трансляции [2]. С помощью дрожжевой системы, мы проанализировали группу потенциально амилоидогенных белков, предсказанных алгоритмом ArchCandy, и идентифицировали новые белки (в том числе человеческие) и домены с амилоидогенными свойствами. Способность этих белков к агрегации была также проверена биохимическими и цитологическими методами в клетках дрожжей, и для некоторых белков – в клетках человека. На основании полученных данных, обсуждаются предсказательная эффективность биоинформатических алгоритмов и возможные функции амилоидогенных белков у человека.
Благодарности: Работа выполнена при поддержке гранта -- (РНФ) и проекта ... (СПбГУ), и при помощи Ресурсных центров «Биобанк», «Хромас» и «Развитие молекулярных и клеточных технологий» СПбГУ.
[1] Ahmed A.B. et al., A structure-based approach to predict predisposition to amyloidosis. // 2015, Alzheimer's Dementia V.11(6), P.681-690.
[2] Liebman S.W. and Chernoff Y.O., Prions in yeast. // 2012, Genetics V.191 (), P.1041-1072.
Original languageRussian
Title of host publicationVII Съезд Вавилонского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС)
Subtitle of host publicationСборник тезисов
Place of PublicationСПб.
Pages979
Number of pages1
Publication statusPublished - 18 Jun 2019
EventМеждународный конгресс «VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы»: ВОГиС 2019 - Санкт-Петербург
Duration: 18 Jun 201922 Jun 2019
https://events.spbu.ru/events/genetic-selection-2019

Conference

ConferenceМеждународный конгресс «VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы»
Abbreviated titleВОГиС 2019
CountryRussian Federation
CityСанкт-Петербург
Period18/06/1922/06/19
Internet address

Cite this

Зелинский, А. А., Романова, Н. В., Качкин, Д. В., Каява, А. В., Рубель, А. А., & Чернов, Ю. О. (2019). ПОИСК И АНАЛИЗ НОВЫХ АМИЛОИДОГЕННЫХ БЕЛКОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ДРОЖЖЕВОЙ ТЕСТ-СИСТЕМЫ. In VII Съезд Вавилонского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС): Сборник тезисов (pp. 979). СПб..
Зелинский, А.А. ; Романова, Н.В. ; Качкин, Д.В. ; Каява, А.В. ; Рубель, А.А. ; Чернов, Ю.О. / ПОИСК И АНАЛИЗ НОВЫХ АМИЛОИДОГЕННЫХ БЕЛКОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ДРОЖЖЕВОЙ ТЕСТ-СИСТЕМЫ. VII Съезд Вавилонского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС): Сборник тезисов. СПб., 2019. pp. 979
@inproceedings{ee3e33d55f5844e58d13f275d50dc1cf,
title = "ПОИСК И АНАЛИЗ НОВЫХ АМИЛОИДОГЕННЫХ БЕЛКОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ДРОЖЖЕВОЙ ТЕСТ-СИСТЕМЫ",
abstract = "Самовоспроизводящиеся белковые агрегаты (амилоиды) связаны с более чем 40 различными заболеваниями человека. Некоторые амилоиды (так называемые прионы) инфекционны, то есть могут передаваться между клетками, или даже между организмами. Показано также существование функциональных амилоидов, играющих позитивную биологическую роль. В то же время, образование и распространение амилоидов человека трудно изучать in vivo из-за сложности человеческого организма. Поэтому на сегодня остаётся неизвестным, какая доля протеома человека способна к образованию амилоидов. Существует несколько биоинформатических алгоритмов для предсказания амилоидогенного потенциала белков, но ни для одного из них предсказания пока не были проверены системно на большой выборке. В данной работе, мы проверили предсказания, выполненные при помощи алгоритма ArchCandy [1], который оценивает вероятность образования белковыми последовательностями β-арок, ключевых структурных элементов большинства амилоидов. Для проверки предсказаний ArchCandy была использована тест-система, использующая химерные конструкции, в которых проверяемые белки (или домены) слиты с прионным доменом дрожжевого белка Sup35. Это позволяет фенотипически детектировать нуклеацию амилоида (приона), вызванную проверяемым белком, по снижению функции белка Sup35 в терминации трансляции [2]. С помощью дрожжевой системы, мы проанализировали группу потенциально амилоидогенных белков, предсказанных алгоритмом ArchCandy, и идентифицировали новые белки (в том числе человеческие) и домены с амилоидогенными свойствами. Способность этих белков к агрегации была также проверена биохимическими и цитологическими методами в клетках дрожжей, и для некоторых белков – в клетках человека. На основании полученных данных, обсуждаются предсказательная эффективность биоинформатических алгоритмов и возможные функции амилоидогенных белков у человека.Благодарности: Работа выполнена при поддержке гранта -- (РНФ) и проекта ... (СПбГУ), и при помощи Ресурсных центров «Биобанк», «Хромас» и «Развитие молекулярных и клеточных технологий» СПбГУ.[1] Ahmed A.B. et al., A structure-based approach to predict predisposition to amyloidosis. // 2015, Alzheimer's Dementia V.11(6), P.681-690.[2] Liebman S.W. and Chernoff Y.O., Prions in yeast. // 2012, Genetics V.191 (), P.1041-1072.",
author = "А.А. Зелинский and Н.В. Романова and Д.В. Качкин and А.В. Каява and А.А. Рубель and Ю.О. Чернов",
year = "2019",
month = "6",
day = "18",
language = "русский",
isbn = "9785965112371",
pages = "979",
booktitle = "VII Съезд Вавилонского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС)",

}

Зелинский, АА, Романова, НВ, Качкин, ДВ, Каява, АВ, Рубель, АА & Чернов, ЮО 2019, ПОИСК И АНАЛИЗ НОВЫХ АМИЛОИДОГЕННЫХ БЕЛКОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ДРОЖЖЕВОЙ ТЕСТ-СИСТЕМЫ. in VII Съезд Вавилонского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС): Сборник тезисов. СПб., pp. 979, Санкт-Петербург, 18/06/19.

ПОИСК И АНАЛИЗ НОВЫХ АМИЛОИДОГЕННЫХ БЕЛКОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ДРОЖЖЕВОЙ ТЕСТ-СИСТЕМЫ. / Зелинский, А.А.; Романова, Н.В.; Качкин, Д.В.; Каява, А.В.; Рубель, А.А.; Чернов, Ю.О.

VII Съезд Вавилонского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС): Сборник тезисов. СПб., 2019. p. 979.

Research outputpeer-review

TY - GEN

T1 - ПОИСК И АНАЛИЗ НОВЫХ АМИЛОИДОГЕННЫХ БЕЛКОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ДРОЖЖЕВОЙ ТЕСТ-СИСТЕМЫ

AU - Зелинский, А.А.

AU - Романова, Н.В.

AU - Качкин, Д.В.

AU - Каява, А.В.

AU - Рубель, А.А.

AU - Чернов, Ю.О.

PY - 2019/6/18

Y1 - 2019/6/18

N2 - Самовоспроизводящиеся белковые агрегаты (амилоиды) связаны с более чем 40 различными заболеваниями человека. Некоторые амилоиды (так называемые прионы) инфекционны, то есть могут передаваться между клетками, или даже между организмами. Показано также существование функциональных амилоидов, играющих позитивную биологическую роль. В то же время, образование и распространение амилоидов человека трудно изучать in vivo из-за сложности человеческого организма. Поэтому на сегодня остаётся неизвестным, какая доля протеома человека способна к образованию амилоидов. Существует несколько биоинформатических алгоритмов для предсказания амилоидогенного потенциала белков, но ни для одного из них предсказания пока не были проверены системно на большой выборке. В данной работе, мы проверили предсказания, выполненные при помощи алгоритма ArchCandy [1], который оценивает вероятность образования белковыми последовательностями β-арок, ключевых структурных элементов большинства амилоидов. Для проверки предсказаний ArchCandy была использована тест-система, использующая химерные конструкции, в которых проверяемые белки (или домены) слиты с прионным доменом дрожжевого белка Sup35. Это позволяет фенотипически детектировать нуклеацию амилоида (приона), вызванную проверяемым белком, по снижению функции белка Sup35 в терминации трансляции [2]. С помощью дрожжевой системы, мы проанализировали группу потенциально амилоидогенных белков, предсказанных алгоритмом ArchCandy, и идентифицировали новые белки (в том числе человеческие) и домены с амилоидогенными свойствами. Способность этих белков к агрегации была также проверена биохимическими и цитологическими методами в клетках дрожжей, и для некоторых белков – в клетках человека. На основании полученных данных, обсуждаются предсказательная эффективность биоинформатических алгоритмов и возможные функции амилоидогенных белков у человека.Благодарности: Работа выполнена при поддержке гранта -- (РНФ) и проекта ... (СПбГУ), и при помощи Ресурсных центров «Биобанк», «Хромас» и «Развитие молекулярных и клеточных технологий» СПбГУ.[1] Ahmed A.B. et al., A structure-based approach to predict predisposition to amyloidosis. // 2015, Alzheimer's Dementia V.11(6), P.681-690.[2] Liebman S.W. and Chernoff Y.O., Prions in yeast. // 2012, Genetics V.191 (), P.1041-1072.

AB - Самовоспроизводящиеся белковые агрегаты (амилоиды) связаны с более чем 40 различными заболеваниями человека. Некоторые амилоиды (так называемые прионы) инфекционны, то есть могут передаваться между клетками, или даже между организмами. Показано также существование функциональных амилоидов, играющих позитивную биологическую роль. В то же время, образование и распространение амилоидов человека трудно изучать in vivo из-за сложности человеческого организма. Поэтому на сегодня остаётся неизвестным, какая доля протеома человека способна к образованию амилоидов. Существует несколько биоинформатических алгоритмов для предсказания амилоидогенного потенциала белков, но ни для одного из них предсказания пока не были проверены системно на большой выборке. В данной работе, мы проверили предсказания, выполненные при помощи алгоритма ArchCandy [1], который оценивает вероятность образования белковыми последовательностями β-арок, ключевых структурных элементов большинства амилоидов. Для проверки предсказаний ArchCandy была использована тест-система, использующая химерные конструкции, в которых проверяемые белки (или домены) слиты с прионным доменом дрожжевого белка Sup35. Это позволяет фенотипически детектировать нуклеацию амилоида (приона), вызванную проверяемым белком, по снижению функции белка Sup35 в терминации трансляции [2]. С помощью дрожжевой системы, мы проанализировали группу потенциально амилоидогенных белков, предсказанных алгоритмом ArchCandy, и идентифицировали новые белки (в том числе человеческие) и домены с амилоидогенными свойствами. Способность этих белков к агрегации была также проверена биохимическими и цитологическими методами в клетках дрожжей, и для некоторых белков – в клетках человека. На основании полученных данных, обсуждаются предсказательная эффективность биоинформатических алгоритмов и возможные функции амилоидогенных белков у человека.Благодарности: Работа выполнена при поддержке гранта -- (РНФ) и проекта ... (СПбГУ), и при помощи Ресурсных центров «Биобанк», «Хромас» и «Развитие молекулярных и клеточных технологий» СПбГУ.[1] Ahmed A.B. et al., A structure-based approach to predict predisposition to amyloidosis. // 2015, Alzheimer's Dementia V.11(6), P.681-690.[2] Liebman S.W. and Chernoff Y.O., Prions in yeast. // 2012, Genetics V.191 (), P.1041-1072.

UR - https://events.spbu.ru/eventsContent/events/2018/vogis/VII%20VSGB%20Congress%20Abstracts%202019.pdf

M3 - статья в сборнике материалов конференции

SN - 9785965112371

SP - 979

BT - VII Съезд Вавилонского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС)

CY - СПб.

ER -

Зелинский АА, Романова НВ, Качкин ДВ, Каява АВ, Рубель АА, Чернов ЮО. ПОИСК И АНАЛИЗ НОВЫХ АМИЛОИДОГЕННЫХ БЕЛКОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ДРОЖЖЕВОЙ ТЕСТ-СИСТЕМЫ. In VII Съезд Вавилонского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС): Сборник тезисов. СПб. 2019. p. 979