КАРТИРОВАНИЕ ПРОТЕОМА СЕМЯН НА ОСНОВЕ BOTTOM-UP СТРАТЕГИИ С ПРИМЕНЕНИЕМ ВЭЖХ-МС

Е.М. Лукашева, М.П. Банкин, Т.В. Мамонтова, Г.Р. Мавропуло-Столяренко, А.А. Царев, Т.В. Гришина, В. Хёхенвартер, Г.Н. Смоликова, С.С. Медведев, А.А. Фролов

Research output

Abstract

Протеом семян является интересным фундаментальным и прикладным объектом исследования, поскольку семена – важный источник пищи для людей и животных. Целью данной работы был анализ функций и локализации белков, выделенных из зародышей гороха (Pisum sativum) с желтыми и зелеными семядолями и из семян рапса (Brassica napus), качество которых было снижено путем длительного хранения или ускоренного старения. Из измельченного, предварительно зафиксированного в жидком азоте, биоматериала (50-150 мг) методом фенольной экстракции был выделен тотальный белок. Для растворения полученного после осаждения ацетоном белка был использован раствор содержащий хоатропные агенты – мочевину и тиомочевину, а также кислотолабильный детергент AALS II, совместимый с LC-MS. Анализ был основан на bottom-up протеомной стратегии. Для этого после измерения концентрации белка были отобраны аликвоты и проведен ограниченный протеолиз трипсином. Триптические гиролизаты были проанализированы с помощью нано-LC-ESI-Q и LIT-Orbitrap-MS в режиме data dependent acquisition (DDA). Обработка полученных масспектрометрических данных была произведена на основе комбинированных баз данных последовательностей поисковым алгоритмом SEQUEST. Было обнаружено более 1900 белков в зародышах гороха и почти вдвое меньше белков в семенах рапса. Было выявлено 34 функциональные группы белков, различным образом представленных в группах образцов. Аннотация функций и локализации белков была основана на разработанной авторами схеме с использованием инструментария ПО MapMan, LocTree3, базах данных String и KEGG. Было показано, что у зародышей гороха с желтыми семядолями в большем количестве присутствовали белки, связанные с белковым метаболизмом и окислительным катаболизмом, и LEA-белки. У семян рапса после длительного хранения значительно уменьшался пул запасных белков, LEA-белков, а также белков, ответственных за адаптацию к стрессу. Полученные данные позволяют обсуждать роль белков в устойчивости семян гороха и рапса к абиотическим стрессорам. Работа поддержана грантом РНФ №17-16-01042
Original languageRussian
Title of host publicationII Объединенный научный форум: VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды»
Subtitle of host publicationНаучные труды
Place of PublicationМ.
PublisherИздательство «Перо»
Pages268-269
Volume2
ISBN (Print)9785001505211 (Т. 2), 9785001505198
Publication statusPublished - Sep 2019
EventII ОБЪЕДИНЕННЫЙ НАУЧНЫЙ ФОРУМ, VI СЪЕЗД ФИЗИОЛОГОВ СНГ,
VI СЪЕЗД БИОХИМИКОВ РОССИИ, IX РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»
- Гостиничный комплекс «Дагомыс», Сочи-Дагомыс
Duration: 1 Oct 20196 Oct 2019
Conference number: VI
http://www.rusbiochem.org/page206.html

Publication series

NameACTA NATURAE (РУССКОЯЗЫЧНАЯ ВЕРСИЯ)
ISSN (Print)2075-8243

Conference

ConferenceII ОБЪЕДИНЕННЫЙ НАУЧНЫЙ ФОРУМ, VI СЪЕЗД ФИЗИОЛОГОВ СНГ,
VI СЪЕЗД БИОХИМИКОВ РОССИИ, IX РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»
CountryRussian Federation
CityСочи-Дагомыс
Period1/10/196/10/19
Internet address

Cite this

Лукашева, Е. М., Банкин, М. П., Мамонтова, Т. В., Мавропуло-Столяренко, Г. Р., Царев, А. А., Гришина, Т. В., ... Фролов, А. А. (2019). КАРТИРОВАНИЕ ПРОТЕОМА СЕМЯН НА ОСНОВЕ BOTTOM-UP СТРАТЕГИИ С ПРИМЕНЕНИЕМ ВЭЖХ-МС. In II Объединенный научный форум: VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды»: Научные труды (Vol. 2, pp. 268-269). (ACTA NATURAE (РУССКОЯЗЫЧНАЯ ВЕРСИЯ)). М.: Издательство «Перо».