В мире созданы консорциумы по анализу геномных данных у пациентов с COVID-19 (https://www.covid19hg.org). Результаты наших исследований позволят сформировать модели для оценки полигенных рисков тяжести течения и исхода COVID-19, а также отдаленных осложнений (постковидный синдром). Исследования полногеномных ассоциаций (genome-wide association studies, GWAS) являются основным источником знаний о роли генетики в развитии широкого спектра заболеваний человека. Полногеномное секвенирование является эффективной альтернативой микрочипам при поиске геномных ассоциаций. Также этот метод имеет преимущество, поскольку спектр исследуемых геномных вариантов не ограничен составом коммерческой панели, а охватывает весь геном, поэтому не привязан к конкретной популяции и позволяет выявлять новые варианты, что позволит расширить эталонные панели гаплотипов для интерпретации данных, полученных с помощью микрочипов. Полногеномное секвенирование с низким покрытием значительно превосходит микрочипы по плотности выявляемых вариантов, а также подходит для выявления редких вариантов. Для исследования генетического вклада в патогенез COVID-19 нами был выбран метод секвенирования генома с покрытием 5x, являющийся компромиссным в вопросах стоимости исследования и его информативности. При планируемой выборке в 2000 человек покрытие 5x позволяет достигнуть охвата SNP близкого к 100% для вариантов с частотой 0.5% и выше. На данный момент достаточно надежно показано, что врождённые ошибки иммунитета, связанные с интерферонами 1 типа, могут являться причиной тяжёлого течения COVID-19. Даже бессимптомное носительство миссенс- и нонсенс-мутаций в генах, обеспечивающих врожденный иммунитет, могут оказывать значительное влияние на течение и исход вирусных заболеваний, в том числе COVID-19.
Таргетное секвенирование генов интерферонового ответа и соотнесение полученных данных с имеющимися клинико-лабораторными данными, а также с рассчитанными полигенными рисками позволит оценить вклад мутаций изучаемых генов в патогенез COVID-19 и постковидного синдрома.
Легочный фиброз является одним из осложнений COVID-19, в связи с чем вызывает интерес сравнение протективных и рисковых факторов этого состояния и идиопатического легочного фиброза. Создание таргетной панели для анализа полиморфных вариантов, ассоциированных с развитием фибротических изменений легочной ткани и анализ этих полиморфизмов на имеющейся выборке, а также у пациентов с COVID-ассоциированным легочным фиброзом, проходивших реабилитацию, позволит оценить возможность использования ее для оценки реабилитационного статуса, причем возможно расширение области применения такого исследования на когорту пациентов с ХОБЛ и иными обструктивными заболеваниями дыхательной системы.
Полученные результаты могут лечь в основу рекомендаций с прогнозированием тяжести течения заболевания, исходов, отдаленных последствий и оценкой эффективности проводимой терапии, в зависимости от их геномных и генетических особенностей.