Визит в СПбГУ Чжао Лэй (гр. КНР), научного сотрудника, Хуачжунский университет науки и технологий, КНР

Project

Project Details

Description

Основной целью визита профессора Ч. Лэй является ознакомление с биоинформатическими методами лаборатории "Центр алгоритмической биотехнологии" для поиска антибиотиков и других биологически активных природных соединений. План визита подразумевает ознакомление со всеми основными программными продуктами лаборатории в этом направлении, а именно Dereplicator (Mohimani et al, Nature Chemical Biology, 2017), VarQuest (Gurevich et al, Nature Microbiology, 2018), Dereplicator+ (Mohimani et al, Nature Communications, 2018), MetaMiner (Cao et al, Cell Systems, 2019) и другие.

Key findings for the project

В рамках визита, профессор Ч. Лэй был ознакомлен с базовыми биоинформатическими методами для идентификации антибиотиков и других биологически активных природных соединений по масс-спектрометрическим данным. Были наглядно продемонстрированы возможности разработанных в лаборатории "Центр алгоритмической биотехнологии" программных продуктов для данной задачи, а именно Dereplicator (поиск известных пептидных природных соединений по базе данных, Mohimani et al, 2017), VarQuest (поиск известных пептидных природных соединений и их новых вариантов по базе данных, Gurevich et al, 2018), Dereplicator+ (поиск известных непептидных природных соединений по базе данных, Mohimani et al, Nature Communications, 2018), MetaMiner (поиск новых пептидных природных соединений класса RiPP по геномным данным, Cao et al, Cell Systems, 2019) и другие. Установлены научные контакты с лабораторией профессора Ч. Лэй в Хуачжунском университете науки и технологий, рассмотрены потенциальные возможности для последующих научных коллабораций.
AcronymIncoming_2019
StatusFinished
Effective start/end date5/09/1914/09/19